La storia d'azione della "battaglia scolastica definitiva" ruota attorno agli Hundred, avanzatissimi mezzi da combattimento e unica arma efficace contro i "Savage", nuovi e non ultimi aspiranti invasori del globo terracqueo. Il protagonista, Hayato Kisaragi, si reca sulla nave-città-accademia Little Ship, per frequentare l'accademia militare e diventare un pilota di Hundred. Qui incontra una bella ragazza dai capelli argentati di nome Emil Crossford che pare riconoscerlo ma Hayato non sembra ricordarsi di lei. Ma non c'è molto tempo per indagare sulla cosa, poiché Hayato viene presto sfidato dalla "Regina" dell'accademia, la bionda Claire Harvey.
