Kamijo è uno studente di Academy City, dove le persone usano la scienza per sviluppare abilità soprannaturali. Il ragazzo ha molto cuore, fortunatamente per una giovane suora di nome Index. È in fuga da una società di stregoneria che brama i 103.000 volumi sorprendenti di conoscenza magica immagazzinati nella sua memoria. Quando Index si imbatte nella vita di Kamijo, trova un fedele amico e protettore, e mentre Kamijo è facilmente il ragazzo più debole di Academy City, ha qualcos'altro per lui: l'Imagine Breaker, un potere inspiegabile immagazzinato nella sua mano destra che nega i poteri di altri. Con scienziati e stregoni che attaccano da tutte le parti, l'Imagine Breaker tornerà sicuramente utile, ma è la lealtà di Kamijo nei confronti di Index che sarà la sua arma più grande nella lotta per tenerla al sicuro.
