Siamo nel 2027, un anno dopo la fine della IV Guerra Mondiale. Il tenente colonnello Mamuro è stato ucciso, probabilmente durante un tentativo di rapina. Ma Daisuke Aramaki, ufficiale della Pubblica Sicurezza è assolutamente certo che dietro questo delitto si nasconda ben altro. Aramaki incarica delle indagini la giovane Motoko Kusanagi, maggiore in seconda dell'esercito nonché cyborg potenziato ed abilissima hacker. Mentre Motoko cerca di districarsi in questo caso che si dimostra più intricato del previsto, le si affiancheranno numerosi personaggi che andranno a comporre la leggendaria Sezione 9.
