La storia è incentrata su Flint Hammerhead, un ragazzo proveniente dalla preistoria resuscitato grazie ad un fossile. Insieme a due ragazzini, Sarah e Tony Goodman, ha il compito di viaggiare attraverso le varie epoche storiche ed allearsi con delle creature, i Time-Shifter (Cambia tempo in italiano), per proteggere il naturale decorso degli avvenimenti. Le creature (somiglianti per certi aspetti ai Pokémon od ai Digimon) hanno tre forme: quella di base che hanno al loro incontro con Flint e due evoluzioni che li rendono più potenti, di cui una buona (Mega cambia tempo) ed una malvagia (Guasta tempo). Quella malvagia è originata dai poteri di Petra Fina, che cerca di impadronirsi dei Time Shifter per alterare la storia per conto del suo oscuro signore, Lord Dark.
