Benvenuti nell'affascinante mondo di Gensokyo, in cui vivono youkai, animali e alcuni esseri umani, completamente separati dal nostro mondo da una barriera magica. L'unico gateway tra i due mondi è il santuario di Hakurei. Reimu Hakurei è la fanciulla che lavora in detto santuario. Ogni volta che si verificano problemi di cause soprannaturali, Reimu esce con i suoi amici per indagare, eliminare la causa e, si spera, riportare Gensokyo al suo equilibrio.