Kenji Fujikido è un salariato la cui moglie e il figlio sono stati uccisi in una guerra per territorio ninja. In un incontro con la propria morte, Fujikido è posseduto da un'anima ninja enigmatica conosciuta come Naraku Ninja. Fujikido inganna la morte e diventa "Ninja Slayer", un Grim Reaper destinato a uccidere i ninja malvagi, impegnato in una personale guerra di vendetta. Ambientato nel distopico mondo sotterraneo di Neo-Saitama, Ninja Slayer affronta i ninja del Soukai Syndicate in un combattimento mortale.
