Si svolge diversi anni dopo Getter Robo Go, la Terra è ora un mondo post-apocalittico. Hayato, ora uno scienziato anziano, ha completato il capolavoro del professor Saotome, Getter Robo Arc. A pilotarlo sono il figlio di Ryoma, Takuma, l'umano-dinosauro Kamui, e il fratello minore di Tayel, Baku. Insieme al riformato Dinosaur Empire, combattono l'insettoide Andromeda Flow Country che attacca dall'altra parte del tempo e dello spazio.
