Shounen Onmyouji è ambientato nell'era Heian e ha come protagonista un ragazzo di nome Masahiro, il nipote di Seimei, dal quale ha appreso tutti i suoi insegnamenti sul mondo degli spiriti. Sfortunatamente Masahiro perde il sesto senso e assieme ad esso anche la capacità di vedere gli spiriti. L fama del nonno continua a schiacciarlo, fino a quando non incontra una creatura con l'aspetto di una volpe che gli dimostrerà la sua forza combattendo contro un demone. Il ragazzo deciderà di chiamare la volpe Mokkun e accetterà il suo aiuto per riuscire a superare il nonno, ma per farlo dovrà allenarsi sconfiggendo molti altri demoni malvagi.
