In un lontano futuro, la guerra tra la razza umana e i Gamilon ha preso piede sul pianeta Terra. Il costante bombardamento di asteroidi radioattivi ha reso l'atmosfera del pianeta inabitabile. Come mezzo di soccorso, la regina Starsha del pianeta Iscandar offre alle forze terrestri un dispositivo che può neutralizzare completamente le radiazioni del pianeta. Per questo compito, le Forze di Autodifesa della Terra costruiscono un motore più veloce della luce per un viaggio verso Iscandar. Dotata di nuove armi e di un determinato equipaggio di uomini senza paura, la corazzata Yamato, dell'epoca della Seconda Guerra Mondiale, rinasce come Corazzata spaziale Yamato. Tuttavia, l'equipaggio della Yamato ha solo un anno terrestre di tempo per viaggiare verso Iscandar e tornare, o la razza umana finirà.
