Hibiki e Kanade sono due amiche cresciute insieme nella cittadina di Kanon. Nonostante la loro personalità le porti spesso a litigare, hanno una cosa in comune: una connessione con la musica. Un giorno incontrano Hummy, inviato nel mondo degli umani da Major Land per collezionare le note perdute della Melodia della felicità. Le due ragazze vengono così trasforate nelle Pretty Cure per resistere agli attacchi e alla musica malvagia di Mephisto. Riusciranno a impedire che la Melodia della tristezza rovini la loro pacifica città e a migliorare la loro amicizia attraverso il legame delle Pretty Cure?
