La trama parte dal film d'animazione. Dopo la capitolazione della Terra, oramai sotto il giogo degli invasori Umanoidi (in originale Illumidas), l'esiliato Harlock rinuncia alla lotta e decide di partire con il suo piccolo equipaggio alla ricerca di un posto migliore in cui vivere: il pianeta ideale. Ma gli Umanoidi non rinunciano ai loro desideri di rivalsa, e anche fra gli uomini Harlock è considerato spesso un nemico. Per la sua ricerca Harlock può contare sull'Arcadia, una gigantesca astronave da battaglia, lunga 400 m e dalla poderosa struttura. Vi sono artiglierie sia sul ponte di prua, che sotto lo scafo, colmando un settore altrimenti cieco (come nel caso dell'Arcadia della prima serie). Il suo equipaggio comprende alcuni pirati, tra cui Tochiro, il suo grande amico nonché progettista dell'astronave. Fin dai primi episodi iniziano ad aggiungersi il giovanissimo Tadashi, poi una ragazzina e un dottore, infine Yuki, la bella figlia del giornalista che cerca di fare una stampa libera contro la censura dell'informazione attuata dal potere costituito. Anche in questa serie Harlock combatte, come detto, un terribile nemico: non esiste alcuna traccia dell'Impero mazoniano, ma in compenso la galassia è dominata dall'Impero degli Umanoidi, esseri alieni che hanno invaso ed occupato la Terra qualche anno prima. Questo impero umanoide è a tutti gli effetti costituito da creature apparentemente umane, in questo caso maschili, anche se, come sempre, generalmente dotate di tute attillate e grandi caschi con visiera per gli occhi. La loro politica è piuttosto feroce e ottusa, essenzialmente basata sulla potenza delle armi e la sete di conquiste. Ma il nemico più inesorabile di Harlock è un terrestre, un giovane ed ambizioso ingegnere che nutre un odio particolare contro il pirata spaziale.
