Un newyorkese si risveglia in un luogo chiamato il Villaggio, retto da un uomo noto come Due. Nel Villaggio ognuno è identificato solo da un numero e tutti quanti si riferiscono a lui come Sei, nonostante egli sappia di avere un altro nome, e sembrano sapere chi sia. Gli viene detto che abita nel Villaggio e che questo è la sola realtà esistente. La missione di Sei diventa scoprire dove si trovi il Villaggio, chi sia Due e perché lo stia tenendo prigioniero in quel luogo (nonostante Due continui a ripetere a Sei che è un uomo libero), e come sia possibile fuggire dal Villaggio per ritornare alla propria vita a New York. Sei deve scoprire di chi, tra gli abitanti del Villaggio, può fidarsi - tra questi una dottoressa di nome 313, il tassista 147 e lo stesso figlio di Due di nome 11-12 - nella sua ricerca di un sistema per fuggire dal Villaggio. Sei ha anche ricorrenti flashback della sua vita a New York, incluso un incontro con una donna di nome Lucy, che potrebbe essere parte della chiave per scoprire perché si trovi nel Villaggio
