In un futuro post-apocalittico, una guerra atomica porta la distruzione su tutto il globo. Quasi tutta la civiltà umana e le loro tecnologie scientifiche vennero distrutte. I superstiti si rifugiarono nell'ultimo baluardo del progresso dell'umanità: una città voltante ribattezzata "Città D'aria" una grande arca che ospita anche gli animali superstiti del mondo. La squadriglia dei Dragon Flyz, composta da dragoni che cavalcano draghi volanti, transitano dai cieli alla terra per recuperare cristalli d'ambra: pietre indispensabili ai generatori che mantengono in volo la città. Tuttavia sulla terra vi sta il terribile Mente Nera, il signore dei draghi rossi, che vuole catturarli tutti e prendere il potere per dominare la città d'aria. Nel corso della serie i Dragon Flyz viaggiano per la terra alla ricerca di un luogo ancora ospitale per scendere dalla città d'aria e ricominciare a vivere.
