Protagonisti della serie animata sono la Clone Force 99, conosciuta anche come Bad Batchun, un gruppo di cloni sperimentali con caratteristiche uniche. I soldati cercano di trovare la propria strada in una galassia in rapido cambiamento dopo la Guerra dei Cloni. Il gruppo di cloni modificati intraprenderà una serie di audaci missioni e lotteranno per rimanere a galla e trovare nuovi scopi.
